Caracterização do Perfil de Expressão de Genes Associados à Resposta Imune em Pacientes HIV+ com Linfoma Difuso de Grandes Células B

Abstract

O linfoma difuso de grandes células B (LDGCB) é um dos cânceres mais comuns em pessoas que vivem com HIV (PVH). Idade precoce ao diagnóstico, pior sobrevida global e assinaturas moleculares, como de expressão gênica e organização cromossômica estão entre as particularidades do LDGCB quando se manifesta em PVH. No entanto, a participação de vias imunológicas ainda é pouca estudada nesse contexto. Nossos objetivos são caracterizar o perfil de expressão de genes do sistema imune em pacientes HIV+ acometidos com o LDGCB, bem como descrever a distribuição de populações celulares imunológicas e o comportamento de genes de checkpoint imune nesse grupo. Este projeto obteve aprovação no sistema CEP/CONEP (CAAE: 93856918.0.0000.5274). Ao todo, 98 amostras foram utilizadas para a construção de painéis na plataforma Nanostring em colaboração com o instituto Mayo Clinic (Arizona, EUA). No grupo LDGCB associado ao HIV (LDGCB-H) incluímos 32 pacientes, enquanto no grupo LDGCB imunocompetente (LDGCB-I) incluímos 66 participantes. Os ácidos nucleicos foram extraídos de acordo com o kit AllPrep DNA/RNA FFPE (Qiagen). O RNA extraído foi utilizado em dois painéis das plataformas Nanostring denominados Lymph3Cx e nCounter® Human Immunology V2. As 58 amostras com conteúdo tecidual sobressalente foram submetidas a uma nova rodada de extração de ácidos nucleicos nas dependências do Programa de Genética (CPQ, INCA) e, em seguida, foram encaminhadas para síntese de cDNA e PCR quantitativo em tempo real na plataforma ViiA 7 System (Applied Biosystems). Os grupos do estudo não diferiram com relação aos critérios de pareamento (idade ao diagnóstico, gênero e subtipo de acordo com algoritmo de Hans), demonstrando que as diferenças entre os grupos não estão relacionadas a essas variáveis. Com o painel Lymph3Cx, caracterizamos as amostras de acordo com o subtipo de LDGCB (GCB, ABC, UNC ou PMBL). Encontramos 65% de amostras do grupo LDGCB-H pertencentes ao subtipo GCB. Com o painel nCounter® Human Immunology V2, realizamos análises de expressão gênica diferencial. As análises foram feitas de duas formas: sem filtragem e com filtragem de genes pouco expressos e abaixo do background. A comparação ampla entre LDGCB-H e LDGCB-I indicou a presença de 83 e 38 genes diferencialmente expressos para os protocolos sem filtro e com filtro. A comparação mais restrita entre GCB associado ao HIV (GCB-H) e GCB imunocompetente (GCB-I) indicou 34 e 13 genes diferencialmente expressos para os protocolos sem filtro e com filtro. Dentre os genes analisados, os marcadores BCL2, CD22, IL4R e MS4A1 foram diferencialmente expressos tanto na comparação entre LDGCB-H e LDGCB-I quanto na subanálise entre GCB-H e GCB-I, reforçando sua relevância nesses pacientes. Análises de enriquecimento de tipos celulares imune apontaram abundância de células citotóxicas nos grupos LDGCB-H e GCB-H em comparação às contrapartes imunocompetentes. Por fim, para os genes de checkpoint imune, encontramos frequências de amostras positivas de, respectivamente, 1,96%; 21,56% e 47,05% para PD-1, PDL-1 e PD-L2 de acordo com as análises de qPCR. Nosso estudo aponta novas assinaturas moleculares imunológicas para o LDGCB-H, reforçando a argumentação de que é uma doença específica com propriedades particulares.