Impacto dos tipos de deleção do gene supressor tumoral IKZF1 sobre a expressão de seus genes-alvo nas leucemias linfoblásticas de células precursoras B

Abstract

As deleções em IKZF1 (∆IKZF1) ocorrem em aproximadamente 15% dos casos pediátricos com leucemia linfoblástica aguda de células precursoras B (LLA-CPB) e estão associadas com aumento nas taxas de recaída em diversos protocolos. A consequência funcional das ∆IKZF1 varia de acordo com os éxons envolvidos, podendo resultar em efeito dominante-negativo (deleção dos éxons 4 a 6) ou haploinsuficiência (deleções envolvendo os éxons 1, 2 e/ou 8). Visto que Ikaros (codificada por IKZF1) regula a expressão gênica através do remodelamento de cromatina, nós hipotetizamos que ∆IKZF1 podem modificar a expressão de genes envolvidos na linfopoiese B (RAG1, EBF1 e BTG1), no reparo de DNA (FIGNL1) e na interação com receptores de tirosina quinase (GRB10). Para avaliar o impacto dos tipos de ∆IKZF1 na expressão destes genes, analisamos 72 pacientes diagnosticados com LLA-CPB antes dos 16 anos. Estes foram agrupados de acordo com o status de IKZF1 obtido através das técnicas de MLPA e PCR multiplex. Os níveis de expressão gênica de IKZF1 e os demais genes foram obtidos por PCR quantitativo em tempo real. Em seguida, as análises foram realizadas de forma comparativa com os dados clínico-laboratoriais e status de IKZF1 usando o teste estatístico Mann-Whitney. A fim de validar nossos achados, também realizamos análises in silico com dados de pacientes pediátricos disponibilizados pelo projeto TARGET. Os dados de whole genome sequencing foram usados para determinar o status de IKZF1 e RNA-seq para expressão dos genes. As análises de sobrevida livre de evento (SLE) e global (SG) foram realizadas pelo método de Kaplan-Meier. Em relação às características clínico-laboratoriais dos pacientes, observamos que pacientes com idade <120 meses apresentam uma tendência de expressão aumentada de IKZF1, RAG1 e BTG1, e baixa para GRB10, quando comparados àqueles com idade ≥120 meses. Já o gene RAG1 apresentou uma mediana de expressão maior no grupo de baixo risco quando comparado tanto com o grupo de risco intermediário quanto com o de alto risco. As análises de expressão demonstraram que o gene EBF1 apresenta uma tendência de níveis reduzidos diante da ∆dn quando comparado com os outros grupos. Já o gene GRB10 tem níveis aumentado nos pacientes com ∆haplo. Além disso, foi possível observar que pacientes com baixa expressão de EBF1 tiveram maior tempo de SG quando comparado com os de alta expressão, enquanto que indivíduos considerados com baixa expressão de GRB10 apresentaram pior SG e SLE em relação aqueles com alta expressão. Portanto, nossos resultados demonstram que os diferentes status de IKZF1 estão associados a diferentes níveis de expressão de genes-alvo.