Uso de Plataformas de Larga Escala no Estudo das Alterações Moleculares em Câncer Gástrico do Tipo Intestinal de Lauren.

Abstract

O Câncer gástrico (CG) é uma doença multifatorial que envolve estilo de vida, envelhecimento, fatores socioeconômicos, genéticos e biológicos como, infecção por Helicobacter pylori. A classificação de Lauren divide o adenocarcinoma gástrico em dois tipos: intestinal e difuso. Tecnologias inovadoras têm sido usadas na investigação desta doença, no entanto, ainda existem lacunas sem respostas, principalmente a respeito da integração de informações geradas por análises em larga escala. Com o propósito de melhor entender a doença, o objetivo desse trabalho é analisar amostras de CG do tipo intestinal de Lauren (CGI) de pacientes brasileiros (n=32), utilizando ferramentas moleculares de análise em larga escala. Para isso utilizamos ferramentas transcriptômicas para identificar o perfil diferencial de expressão gênica de amostras de pacientes com CGI comparado com tecidos não tumorais do mesmo paciente e comparamos esses resultados com outras populações. Identificamos na população brasileira, uma assinatura molecular de pacientes com CGI. Os resultados foram confirmados por RT-qPCR. Uma análise não supervisionada com esta assinatura foi realizada utilizando dados de microarranjo de outras populações. Os resultados indicaram que 38 genes desta assinatura discriminaram com sucesso as amostras de outras populações. A análise in silico revelou que importantes processos biológicos relacionados com os genes diferencialmente expressos estavam alterados nos tecidos tumorais, como remodelamento de matriz extracelular, adesão celular e diferenciação da mucosa gástrica. Também realizamos uma análise do impacto da expressão desses genes na sobrevida de pacientes com CGI, cujos resultados mostraram que os genes PSCA, SPARC, THBS2 e THY1 CXCL9, HMGCS2 e SULT1B1 podem predizer sobrevida global. As análises proteômicas de amostras de pacientes com CGI foram realizadas. E os resultados indicaram de forma geral, que processos associados à inflamação, citoesqueleto e enovelamento de proteínas também podem estar alterados. Destacamos o aumento da expressão de chaperonas (HSP’s) e MAPK1que parecem desempenhar função especial em diversas vias de importância biológica. Em adição, as amostras foram analisadas quanto ao status de infecção por H. pylori, onde verificamos que amostras de pacientes positivos (INT+) e negativos (INT-) para infecção, apresentaram proteínas comuns que mostraram níveis de expressão opostos, como chaperonas, catepsinas e proteínas 14-3-3. Dando continuidade às investigações, realizamos uma análise da regulação epigenética, onde as amostras foram analisadas quanto à expressão de microRNAs para posterior integração dos resultados. Os resultados do microarranjo mostraram que, em amostras de CGI, 25 microRNAs estavam diferencialmente expressos, dos quais cinco ainda não tinham sido descritos para o CG. Esses microRNAs estavam envolvidos principalmente em vias associadas à proliferação, migração e diferenciação. A integração de dados de microRNAs e mRNAs e proteínas identificou possíveis interações entre hsa-miR-204-5p, MAPK1, HSP90 e miR-1-3p, miR-148a-3p e MMp7. Foram preditas também interações entre microRNAs não descritos para o CG como, miR-1181 tendo como alvo EP400 e STMN3. Encontramos também os miR-1202 e miR-486-5p tendo como alvo genes encontrados na assinatura molecular CLDN1 e FN1 e FUT9. Em conjunto, esses resultados fornecem uma gama de componentes moleculares e suas possíveis interações que podem fornecer informações sobre novos mecanismos regulatórios e ajudar numa melhor compreensão do arcabouço molecular associado ao CGI.