Caracterização dos padrões moleculares de pacientes com RUNX1-ETV6 em leucemia linfoblástica aguda de células precursoras B

Abstract

As leucemias linfoblásticas agudas de células precursoras-B (LLA-CPB) são caracterizadas por translocações recorrentes, sendo t(12;21)(p13;q22) uma das mais comuns. Essa translocação gera as fusões gênicas ETV6-RUNX1 (transcrito direto) e RUNX1-ETV6 (transcrito recíproco) em 100% e 76% dos casos, respectivamente. Estudos mostraram que a alta expressão do RUNX1-ETV6 confere um prognóstico desfavorável. Além disso, alterações moleculares adicionais foram descritas neste grupo de pacientes como importantes marcadores de estratificação de risco. Nossa hipótese é que pacientes com RUNX1-ETV6 possam ter um perfil clínico-laboratorial único. Além disso, acreditamos que este perfil esteja associado com o desfecho clínico dos pacientes, em especial, com a ocorrência das recaídas. Um total de 114 pacientes pediátricos (<18 anos) com LLA-CPB-t(12;21) foram incluídos neste estudo. Análises qualitativa (percentagem) e quantitativa (IMF) de CD9, um marcador celular cuja baixa expressão está associada com ETV6-RUNX1, foram realizadas por citometria de fluxo. A presença do transcrito recíproco foi identificada por RT-PCR. RT-qPCR foi realizada para avaliar os níveis de expressão dos transcritos quiméricos direto e recíproco. A MLPA foi realizada para identificar alterações de número de cópias nos genes PAX5, IKZF1, EBF1, CDKN2A/B, BTG1, JAK2, RB1, ETV6, ERG e PAR1. Valores de P<0,05 foram considerados significantes. A maioria dos pacientes incluídos era do sexo masculino (60%), <10 anos e tinha baixa leucometria. O transcrito recíproco foi encontrado em 46/70 casos (65,7%). A porcentagem de células marcadas e a IMF de CD9 foram altas na maioria dos pacientes com RUNX1-ETV6 (78,2%). Em 34/114 casos (30%) foram observadas a deleção do alelo não-rearranjado do gene ETV6 e ETV6-RUNX1, concomitantemente. Em 12/114 casos (10,5%) detectamos a co-ocorrência de um sinal adicional de RUNX1 e de ETV6- RUNX1. Em 3/114 (2,6%) foi observada a presença de 3 sinais de ETV6-RUNX1. Para a identificação de alterações adicionais no der(12)t(12;21), realizamos análises de FISH com sondas customizadas. Em 6/16 casos (37,5%), identificamos um padrão de alteração caracterizado pela presença concomitante de RUNX1-ETV6 e de um sinal extra de RUNX1. Em três casos (18%) observamos o padrão de alteração caracterizado pela duplicação da fusão RUNX1-ETV6. Pacientes com RUNX1- ETV6 apresentaram deleção em ETV6 (45%), CDKN2A/B (35%) e PAX5 (30%). Em relação à análise de expressão, observamos uma correlação positiva (R=0,90; P=0,02) entre os níveis do transcrito direto e a leucometria. Observamos uma correlação positiva (R=0,92; P=0,02) entre transcrito recíproco e IMF de CD9. Além disso, observamos um aumento significativo na expressão de RUNX1- ETV6 em pacientes com PAX5 deletado (P=0,02). Observamos um aumento da IMF de CD9 em pacientes com deleção em PAX5 comparados aos pacientes com PAX5 selvagem (P=0,01). As análises de SG foram realizadas com dados de 42 pacientes acompanhados por um tempo médio de 60 meses e observamos uma SG média de 48,6 meses (IC95% 42,2 - 55,1). Na análise univariada para o status de RUNX1-ETV6 (presença e ausência), os pacientes com o transcrito recíproco apresentaram uma SG média inferior. Há evidências substanciais da presença de múltiplos subclones ao diagnóstico, que podem resultar em diferentes perfis de resposta ao tratamento dos pacientes ETV6-RUNX1. Portanto, o prognóstico comumente favorável deste grupo de pacientes pode ser modificado com a presença de alterações secundárias. Como demonstrado em nosso estudo o grupo RUNX1-ETV6 é um grupo molecularmente heterogêneo que apresenta deleções adicionais de genes relevantes para a leucemogênese. Por exemplo, pacientes com deleção no PAX5 apresentaram um aumento dos níveis de expressão RUNX1-ETV6, o que poderia aumentar a probabilidade de recaídas neste pacientes.