Metastização em tumores de cavidade oral HPV negativos: uma abordagem in silico

Abstract

Os tumores de cavidade oral são o quinto tumor mais frequente em homens conforme estimativa do INCa. A ocorrência de metástase durante o desenvolvimento do tumor aumenta as chances de recidiva e dificulta o tratamento. Tendo isso em vista, estudar os mecanismos que favorecem a metastatização desse tumor podem auxiliar na identificação de biomarcadores associados a este processo. Para tal, foi realizada uma análise in silico com enfoque imunológico de tumores de cavidade oral HPV negativos comparando tumores metastáticos e não-metastáticos. Foram analisadas 20 amostras de uma coorte em colaboração com o AC Camargo (ACC) e 22 amostras do repositório público TCGA (The Cancer Genome Atlas). Os dados brutos da coorte ACC foram pré-processados com avaliação da qualidade das leituras pelo FastQC e seleção das mesmas pelo Trimmomatic. O alinhamento contra o genoma humano GRCh38 foi realizado com o alinhador star e a expressão dos genes contabilizada com o pacote RSEM. Os genes diferencialmente expressos (DEG) foram avaliados pelo DESeq2, as vias enriquecidas pela plataforma Webgestalt e o microambiente tumoral com o xCell. Para os dados disponíveis no TCGA foi também identificado o alelo de HLA de cada amostra pelo Optitype para subsequente predição de neoantígenos com o netMHCpan. Os repertórios de receptores de linfócitos T (TCR) e B (BCR) foram identificados com o programa MiXCR. Resultado: Foram identificados 186 DEG para a coorte do TCGA, 127 para a coorte ACC e três em comum, sendo dois deles aumentado na mesma condição em ambas as coortes: PIWIL2 (mais expresso no grupo não-metastático) e ADH1B (mais expresso no grupo metastático). A população imunológica que mais correlacionou com o desfecho foi o linfócito T CD4 de memória (coeficiente de Pearson: -0,78 - ACC e -0,71 - TCGA) cuja assinatura está enriquecida no grupo não-metastático. Foi identificado um maior número de clones de TCR alfa (p<0,01) e beta (p<0,001) no grupo não metastático. Não houve diferença na carga de mutação e neoantígenos entre os grupos. Contudo, a amostra com maior carga de neoantígenos foi também a única das 22 com uma mutação na via de apresentação de antígenos. Ao todo, foram encontradas quatro amostras com mutações em proteínas da via de reparo ao dano de DNA. Estas quatro amostras possuem a maior carga de neoantígeno entre todas as amostras analisadas. Parece haver uma associação dos linfócitos T CD4 de memória com o desfecho livre de metástase. A análise individual de cada amostra indica mecanismos putativos de escape imunológico, como por exemplo, a mutação em uma proteína da via de apresentação de antígeno.