Análise do microbioma cervicovaginal de mulheres HIV positivas com lesões intra-epiteliais cervicais no período pós-parto

Abstract

A microbiota cervical é um importante fator para manutenção da homeostase local e vários estudos têm associado complicações durante a gravidez e durante o período pós-parto com alterações na comunidade de bactérias cervicovaginais. Contudo, apesar da importância da microbiota cervical para o controle de infecções virais e manutenção da homeostase cervical, a sua diversidade e sua composição em mulheres HIV-positivas no período pós-parto ainda é desconhecida. Sendo assim, o objetivo deste trabalho foi avaliar e analisar o perfil da microbiota cervicovaginal de mulheres HIV-positivas no período pós-parto com neoplasia intraepitelial cervical, bem como analisar a associação das comunidades de bactérias presentes para as famílias de vírus de DNA circular. Para tanto, o DNA total foi extraído de amostras de esfregaço cervical de 80 mulheres HIV + e o gene bacteriano do RNA ribossomal 16S (região V3-V6) foi amplificado por PCR e sequenciado na plataforma Illumina HiSeq 2500. Após o sequenciamento, as reads foram processadas e comparadas com o banco de dados Greengenes usando o open source QIIME (Quantitative Insights Into Microbial Ecology). Para a análise dos vírus de DNA circular, o DNA circular foi enriquecido pela amplificação do círculo rolante e sequenciado no HiSeq 2500. As reads foram processadas e os contigs foram gerados por montagem de novo e atribuídos às famílias virais utilizando BLASTX contra o banco de dados de vírus. Identificamos na análise do 16S dois tipos de comunidades de bactérias, denominadas de CSTs (do inglês, Community State Types) III e IV de acordo com o tipo de bactéria dominante. A CST III (L.iners-dominante) e a CST IV (alta diversidade) foram encontradas em 41% e 59% das amostras, respectivamente. Não encontramos associação das CST com o período pós-parto (6 ou 12 meses), HPV (positivo ou negativo) ou citologia (normal ou lesão). Entretanto, cinco gêneros de bactérias foram associados a lesões cervicais (Gardnerella, Aerococcus, Schlegelella, Moryella e Bifidobacterium), com uma razão de chance (OR, do inglês odds ratio) significativa de 40 (2,28-706) para a presença de Moryella e 3,5 (1,36- 8,9) para Schlegelella. Foram identificadas quatro famílias virais: Anelloviridae, Genomoviridae, Herpesviridae e Papillomaviridae. A família Papillomaviridae apresentou alta frequência de CST IV para os tipos de HPV não-16 (33%) quando comparada às CST III (14%). Adicionalmente, as famílias virais Herpesviridae, Genomoviridae e Anelloviridae apresentaram uma associação significativa para a

CST IV. Deste modo, este estudo demonstra que as mulheres HIV-positivas no pós- parto apresentam uma microbiota estável e de alta diversidade, sendo também associada a infecções por diferentes famílias virais. Por fim, este é o primeiro estudo a descrever o bacterioma cervical de mulheres HIV-positivas no pós-parto.