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dc.contributor.advisorMoreira, Miguel Angelo Martins-
dc.contributor.authorSoares, Bárbara Luísa-
dc.date.accessioned2023-02-06T15:33:20Z-
dc.date.available2023-02-06T15:33:20Z-
dc.date.issued2017-
dc.identifier.citationSOARES, Bárbara Luísa. Detecção de Variantes nos genes MSH2, MSH6, MLH1 e PMS2 utilizando Sequenciamento de Nova Geração. 2017. Dissertação (Mestrado em Oncologia) - Instituto Nacional de Câncer, Rio de Janeiro, 2017.pt_BR
dc.identifier.urihttps://ninho.inca.gov.br/jspui/handle/123456789/12602-
dc.description151 f.: il. color.pt_BR
dc.description.abstractA Síndrome de Lynch (SL) é uma herança autossômica dominante de alta penetrância, que atinge aproximadamente 3% dos pacientes com câncer colorretal. Os indivíduos acometidos apresentam mutações germinativas em um dos genes responsáveis pelo reparo de DNA por mal pareamento (Mismatch Repair- MMR): MSH2, MLH1, MSH6 ou PMS2. Por serem genes longos, a identificação de mutações nestes genes se torna demorada e com custo elevado. Desta maneira, o projeto teve como objetivo padronizar uma estratégia de identificação de variantes que permitisse reduzir os custos e tempo de rastreamento molecular dos genes MMR. Para isso, foram padronizadas 16 reações de PCRs-multiplex para os genes MSH2, MLH1 e MSH6 e 5 reações de PCRs de longo alcance para o gene PMS2. Estes produtos foram sequenciados utilizando a tecnologia de Nova Geração (NGS), através do equipamento HiSeq2500. A estratégia foi validada através do sequenciamento pelo método de Sanger dos genes de MMR em 66 pacientes, provenientes de quatro centros distintos do Brasil (INCA- RJ, HCPA- RS, HJUBB- PA e ACCAM- SP), e que preencheram os critérios de Bethesda para SL. As profundidades médias de cobertura obtidas para os genes MSH2, MSH6, MLH1 e PMS2 foram de 7.988, 36.313, 11.899 e 4.772 vezes, respectivamente. Foram identificadas 98 alterações em éxons e íntrons dos quatro genes, sendo que 25 eram patogênicas ou VUS (7 em MSH2, 5 em MSH6, 12 em MLH1 e 1 em PMS2) e foram encontradas em 32 pacientes. A estratégia padronizada foi eficaz na identificação de variantes dos genes MMR, permitiu reduzir em três vezes o número de reações de PCR realizadas por amostra e em 2,15 vezes o custo de rastreamento molecular para os quatro genes MMR. Dos fragmentos sequenciados, 3,1% apresentaram profundidade média de cobertura <30X e não foram eficientes na detecção de sítios variáveis nos genes MMR.pt_BR
dc.language.isoporpt_BR
dc.subjectNeoplasias Colorretais Hereditárias sem Poliposept_BR
dc.subjectColorectal Neoplasms, Hereditary Nonpolyposispt_BR
dc.subjectNeoplasias Colorrectales Hereditarias sin Poliposispt_BR
dc.subjectReparo do DNApt_BR
dc.subjectDNA Repairpt_BR
dc.subjectReparación del ADNpt_BR
dc.subjectBiomarcadores Tumoraispt_BR
dc.subjectBiomarkers, Tumorpt_BR
dc.subjectBiomarcadores de Tumorpt_BR
dc.titleDetecção de Variantes nos genes MSH2, MSH6, MLH1 e PMS2 utilizando Sequenciamento de Nova Geraçãopt_BR
dc.TypeDissertationpt_BR
dc.degree.grantorINCApt_BR
dc.degree.departmentCOENSpt_BR
dc.degree.programOncologiapt_BR
dc.degree.localRio de Janeiropt_BR
dc.terms.abstractLynch Syndrome (LS) is an autosomal dominant inheritance of high penetrance that affects approximately 3% of the cases of colorectal cancer. Individuals affected with this syndrome inherit germline mutations in one of the genes responsible for the Mismatch Repair: MSH2, MLH1, MSH6 or PMS2. These large numbers of genes turns mutations’ identification time consuming and costly. The project aimed to establish a molecular screening method in order to optimize the cost-effectiveness for screening these genes. We performed 16 Multiplex PCRs for MSH2, MSH6 and MLH1 genes and 5 Long-Range PCRs for PMS2 gene, coupled with Next Generation Sequencing (NGS) technologies. Our strategy was validated by the screening of sixty-six patients who filled Bethesda criteria for LS from different hospitals of Brazil (INCA-RJ, HCPA-RS, HJUBB-PA and ACCAM-SP). The depth of coverage for MSH2, MSH6, MLH1 and PMS2 genes was 7.988, 36.313, 11.899 and 4.772 times, respectively. Ninety-eight alterations were found in exons and introns regions for the four MMR genes. From this, 25 were pathogenic or VUS found in 32 patients (7 in MSH2, 5 in MSH6, 12 in MLH1 e 1 in PMS2). The strategy was efficient to identify genetic changes at the MMR genes, since allowed to reduce to 3 times the number of PCR reactions performed per patient and to reduce in 2,15 times the costs to molecular screening of the four MMR genes. Approximately 3% of the amplicons sequenced had a depth of coverage <30X and were not efficient in variation detection at MMR genes.pt_BR
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